เฮเลน่าเคยคบหาดูใจกับนักแสดงชายหลายคนที่เธอร่วมแสดงด้วย แต่ทุกคนล้วนจบลงด้วยการเดทเพียงระยะเวลาสั้นๆประมาณ 1-2 ปี คือสตีฟ มาร์ติน นานที่สุดคือ 5 ปีกับเคนเน็ธ บรานาห์ นักแสดงและผู้กำกับภาพยนตร์ (รับบทเป็น กิลเดอรอย ล็อกฮาร์ต ในภาพยนตร์เรื่องแฮร์รี่ พอตเตอร์) ก่อนจะมาตกล่องปล่องชิ้นกับผู้กำกับชื่อดังอย่าง ทิม เบอร์ตัน ที่พบรักกันระหว่างการถ่ายทำภาพยนตร์เรื่อง Planet of the apes พิภพวานร เมื่อปีค.ศ.2001 และตัดสินใจหมั้นกันในปีต่อมา แม้ทั้งสองจะมีบุตรธิดาร่วมกัน 2 คนคือบิลลี่ เรย์และเนล เบอร์ตัน แต่ทั้งสองก็ยังคงอยู่ในสถานะคู่หมั้นคู่หมาย และยืนยันว่าไม่มีแผนการณ์จะแต่งงานกันในเร็วๆนี้แต่อย่างใด โดยให้เหตุผลว่าเธอและทิมยังสนุกกับการทำงานอยู่ และขอให้พื้นที่ส่วนตัวกับกันและกันเพื่อให้ได้ใช้ความคิดและเป็นตัวของตัวเองแบบที่พวกเขาต้องการ ด้วยการแยกกันอยู่คนละฝั่งบ้านซึ่งเชื่อมพื้นที่ตรงกลางติดกันเป็นหลังเดียว

นอกจากนี้ทิมและเธอมีเพื่อนรักร่วมกันอยู่คนหนึ่งนั่นก็คือ จอห์นนี เดปป์ ซึ่งร่วมงานกันบ่อยเสียจนกล่าวได้ว่าทิมกำกับเรื่องไหน เรื่องนั้นต้องมีเดปป์และเฮเลน่าสุดที่รักร่วมแสดงเสมอ จนทุกคนพากันเรียกทั้ง 3 ว่า The Golden Trio เป็นเสียงเดียว นอกจากจะเป็นทั้งเพื่อนร่วมงานผู้รู้งาน และเพื่อนรักผู้รู้ใจ เดปป์ยังเป็นพ่อทูนหัวให้กับลูกๆของคนทั้งคู่อีกด้วย

ด้านอุปนิสัยส่วนตัว เฮเลน่าเป็นอีกคนหนึ่งซึ่งชื่นชอบการดื่มกาแฟและโค้กเป็นชีวิตจิตใจ ทั้งยังเป็นอดีตสิงห์นักสูบคนหนึ่ง แต่หลังจากคลอดบุตรชายคนแรกอย่างบิลลี่ เธอก็ตัดสินใจเลิกสูบได้อย่างเด็ดขาดเพื่อรักษาสุขภาพและเป็นตัวอย่างที่ดีให้กับลูก นอกจากนี้เธอยังเป็นผู้ที่อัธยาศัยดีมีอารมณ์ขัน ขี้เบื่อ เข้ากับคนง่าย สุภาพ สนุกสนานอยู่เสมอ ซึ่งขัดแย้งกับสิ่งที่คนภายนอกจินตนาการไว้ เพราะใครหลายคนชอบคิดกันไปต่างๆนาๆว่าการที่เธอเติบโตมาในครอบครัวของผู้ดีมีสกุล คงจะทำให้เธอเป็นคนเรียบร้อยเยี่ยงผ้าพับไว้ หรือมีความเป็นกุลสตรีสงวนท่าทีทุกอากัปกิริยา แต่เธอได้กล่าววปฏิเสธกับผู้สื่อข่าวว่า เธอไม่ใช่คนขี้อายหรือชอบอุดอู้อยู่แต่ในบ้านเท่าใดนัก เธอออกจะรู้สึกกดดันและวางตัวลำบากกับภาพลักษณ์ที่ผู้คนคาดหวังไว้ด้วยซ้ำ และเมื่อเทียบกับทิมแล้ว เขายังขี้อายกว่าเธอมาก ผู้สื่อข่าวจึงมักได้ภาพเธอกับครอบครัวกำลังเดินเล่นอยู่ริมถนนหรือย่านการค้าใกล้บ้านพักอยู่เป็นประจำ

นอกจากนี้เฮเลน่าก็เป็นผู้หญิงอีกคนหนึ่งซึ่งมีความเป็นตัวของตัวเองสูงไม่แพ้กัน เธอมักจะปรากฏตัวในงานต่างๆด้วยเสื้อผ้าหน้าผมสุดแหวกแนวไม่แคร์สังคม เธอกล่าวว่าเธอจะไม่มีทางซื้อเสื้อผ้ามาเพื่อใส่ครั้งเดียวแล้วทิ้งอย่างแน่นอน เธอชอบชุดที่ใช้ได้จริงและประยุกต์ได้หลากหลายมากกว่า และยังกล่าวอีกว่าแฟชันคือเรื่องของความสนุก การได้แต่งตัวในแบบของตัวเองหรือแบบที่ตนเองอยากใส่โดยไม่จำเป็นต้องสนใจใครก็คือความสนุกอย่างหนึ่ง ซึ่งบางครั้งเธอก็ให้ลูกๆมาร่วมสนุกกับเธอด้วยการให้พวกเค้าช่วยแต่งตัวให้เธออีกด้วย ถึงแม้การแต่งกายออกงานของเธอจะแปลกแหวกแนวประหนึ่งเลดี้กาก้า (ซึ่งเธอเคยแซวตัวเองขำๆว่าเป็น เลดี้ฮาฮ่า) และมักจะถูกกูรูแฟชั่นวิพากษ์วิจารณ์อยู่เสมอ แต่เธอกลับเป็นนักแสดงที่มีโอกาสขึ้นปกนิตยสารแฟชั่นชื่อดังมาแล้วมากมายทั้งในอังกฤษ อเมริกา อิตาลี่ ญี่ปุ่นและอีกหลายๆประเทศ รวมถึงการเล่นโฆษณาและเป็นพรีเซนเตอร์ให้กับแบรนด์ชั้นนำอย่าง มาร์ก จาคอบส์, ปราด้า, ไดเอ็ท โค้ก เป็นต้น

ล่าสุดเมื่อวันที่ 24 ธันวาคม ปี 2014 สำนักข่าว E! Online ได้ออกมาเปิดเผยว่าเธอและทิม เบอร์ตัน ได้ตกลงแยกทางกันด้วยดีแล้ว โดยทั้งคู่จะยังคงความเป็นเพื่อนที่ดีต่อกันและช่วยกันเลี้ยงลูกทั้ง 2 คนในฐานะพ่อและแม่ต่อไป